Seed protein profile of Pinus greggii and Pinus patula through functional genomics analysis

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Orlis B Alfonso

David Ariza-Mateos

Guillermo Palacios-Rodríguez

Alexandre Ginhas Manuel

Francisco J Ruiz-Gómez

Resumen

El presente trabajo se llevó a cabo con el objetivo de analizar, describir y comparar el proteoma de la semilla de Pinus patula y Pinus greggii. El análisis se realizó utilizando la estrategia “shotgun”. Las proteínas se extrajeron mediante el protocolo del ácido tricloroacético / Fenol / Acetona, se separaron por cromatografía líquida y se analizaron por espectrometría de masas. La identificación de proteínas se realizó consultando la base de datos específica para Pinus spp. y la clasificación funcional, teniendo en cuenta los tres términos funcionales (procesos biológicos, componentes celulares y funciones moleculares) de la Gene Ontology. Para extraer los términos relevantes de la Gene Ontology se realizó un análisis de enriquecimiento singular. Se identificaron 1091 proteínas, 362 proteínas comunes a ambas especies, 100 exclusivas de Pinus greggii y 267 exclusivas de Pinus patula. El análisis comparativo de la distribución de proteínas en función de los tres términos funcionales reveló la similitud entre las dos especies. Las proteínas más abundantes se asociaron a procesos de oxidación-reducción. En cuanto a los componentes celulares, en ambas especies predominan las proteínas integrales de membrana. En cuanto a la función molecular, la expresión mayoritaria de las proteínas en ambas especies estaba relacionada con la síntesis de ATP. La vía metabólica con mayor participación de proteínas fue la vía de la glicólisis/gluconeogénesis. Estos resultados demuestran que hay poca variabilidad genética entre las dos especies, debido a la similitud de sus perfiles proteicos, prevaleciendo las proteínas asociadas a los procesos metabólicos previos a la germinación.

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Presentación de cómo citar
Alfonso, O., Ariza-Mateos, D., Palacios-Rodríguez, G., Ginhas Manuel, A., & Ruiz-Gómez, F. (2020). Seed protein profile of Pinus greggii and Pinus patula through functional genomics analysis. BOSQUE, 41(3), 333-344. doi:10.4067/S0717-92002020000300333
Sección
Artículos