Perfiles proteómicos de Pinus greggii y Pinus patula a través de análisis de genómica funcional

Contenido principal del artículo

Orlis B. Alfonso
David Ariza Mateos
Guillermo Palacios Rodríguez
Manuel Alexandre Ginhas
Francisco J. Ruiz Gómez

Resumen

El presente trabajo se llevó a cabo con el objetivo de analizar, describir y comparar el proteoma de la semilla de Pinus patula y Pinus greggii. El análisis se realizó utilizando la estrategia "shotgun". Las proteínas se extrajeron mediante el protocolo del ácido tricloroacético / Fenol / Acetona, se separaron por cromatografía líquida y se analizaron por espectrometría de masas. La identificación de proteínas se realizó consultando la base de datos específica para Pinus spp. y la clasificación funcional, teniendo en cuenta los tres términos funcionales (procesos biológicos, componentes celulares y funciones moleculares) de la Gene Ontology. Para extraer los términos relevantes de la Gene Ontology se realizó un análisis de enriquecimiento singular. Se identificaron 1091 proteínas, 362 proteínas comunes a ambas especies, 100 exclusivas de Pinus greggii y 267 exclusivas de Pinus patula. El análisis comparativo de la distribución de proteínas en función de los tres términos funcionales reveló la similitud entre las dos especies. Las proteínas más abundantes se asociaron a procesos de oxidación-reducción. En cuanto a los componentes celulares, en ambas especies predominan las proteínas integrales de membrana. En cuanto a la función molecular, la expresión mayoritaria de las proteínas en ambas especies estaba relacionada con la síntesis de ATP. La vía metabólica con mayor participación de proteínas fue la vía de la glicólisis/gluconeogénesis. Estos resultados demuestran que hay poca variabilidad genética entre las dos especies, debido a la similitud de sus perfiles proteicos, prevaleciendo las proteínas asociadas a los procesos metabólicos previos a la germinación.

Detalles del artículo

Cómo citar
Alfonso, O. B., Ariza Mateos, D., Palacios Rodríguez, G., Ginhas, M. A., & Ruiz Gómez, F. J. (2020). Perfiles proteómicos de Pinus greggii y Pinus patula a través de análisis de genómica funcional. BOSQUE, 41(3), 333–344. https://doi.org/10.4067/S0717-92002020000300333
Sección
Artículos
Biografía del autor/a

Orlis B. Alfonso, José Eduardo dos Santos University, Agricultural Sciences Faculty, Department of Forest Engineering, Huambo, Angola.

José Eduardo dos Santos University, Agricultural Sciences Faculty, Department of Forest Engineering, Huambo, Angola.

David Ariza Mateos, University of Cordoba, Department of Forest Engineering, Laboratory of Dendrochronology, Silviculture and Global Change, DendrodatLab-ERSAF, Campus de Rabanales, Córdoba, Spain.

University of Cordoba, Department of Forest Engineering, Laboratory of Dendrochronology, Silviculture and Global Change, DendrodatLab-ERSAF, Campus de Rabanales, Ctra. N. IV, 14071 Córdoba, Spain; Tel.: +34 957 218381.

Guillermo Palacios Rodríguez, University of Cordoba, Department of Forest Engineering, Laboratory of Dendrochronology, Silviculture and Global Change, DendrodatLab-ERSAF, Campus de Rabanales, Córdoba, Spain.

University of Cordoba, Department of Forest Engineering, Laboratory of Dendrochronology, Silviculture and Global Change, DendrodatLab-ERSAF, Campus de Rabanales, Ctra. N. IV, 14071 Córdoba, Spain; Tel.: +34 957 218381.

Manuel Alexandre Ginhas, José Eduardo dos Santos University, Agricultural Sciences Faculty, Department of Forest Engineering, Huambo, Angola.

José Eduardo dos Santos University, Agricultural Sciences Faculty, Department of Forest Engineering, Huambo, Angola.

Francisco J. Ruiz Gómez, University of Cordoba, Department of Forest Engineering, Laboratory of Dendrochronology, Silviculture and Global Change, DendrodatLab-ERSAF, Campus de Rabanales, Córdoba, Spain.

University of Cordoba, Department of Forest Engineering, Laboratory of Dendrochronology, Silviculture and Global Change, DendrodatLab-ERSAF, Campus de Rabanales, Ctra. N. IV, 14071 Córdoba, Spain; Tel.: +34 957 218381.